9月分から厚生年金保険の料率が変更になります。同時に、今年7月に管轄の年金事務所に提出した算定基礎届に基づき、新しい標準報酬月額も適用されます。
社会保険料は、当月分を翌月支給の給与から控除するのが一般的なので、実際には10月支給の給与から変更の会社が多いと思います。
今年9月分からの保険料の計算は以下のようになります。

＊会社と従業員での折半負担になります。健康保険組合に加入している会社は異なるケースがあります。

□ 健康保険料H23年3月料率改定（栃木県の場合）
保険料＝標準報酬月額×保険料率（94.7/1000）

□ 介護保険料*H23年3月料率改定
保険料＝標準報酬月額×保険料率（15.1/1000）

□ 厚生年金保険料*H23年9月料率改定
保険料＝標準報酬月額×保険料率（164.12/1000）

■ 標準報酬月額というのは、保険料を計算する際に使用する便宜上の給与月額です。
標準報酬月額の基となる報酬（給与）には、基本給だけでなく、諸手当、交通費、残業代なども含まれます。